Z pozostałych ziem, zgodnie z rozkazem Adolfa Hitlera z 12 października 1939 r., utworzono Generalne Gubernatorstwo ze stolicą w Krakowie, na którego czele stanął Generalny Gubernator, Hans Frank.
Zgodnie z założeniami Generalplan Ost, czyli Generalnego Planu Wschodniego, ziemie zajęte przez III Rzeszę miały stanowić przestrzeń życiową dla „niemieckiej rasy panów”. Dlatego też zlikwidowanych lub wysiedlonych miało zostać 80-85% Polaków, określanych mianem „słowiańskich podludzi”. Mieszkańcom podbitych ziem przyszło żyć w ekstremalnie ciężkich warunkach. Codziennością stały się egzekucje, łapanki, wysiedlenia i pacyfikacje. Około 2 miliony osób, w tym dzieci, wywieziono przymusowo na roboty w głąb III Rzeszy. Setki tysięcy osób umieszczono w obozach koncentracyjnych. Jeden z nich powstał w 1940 r. w miejscowości Auschwitz. Początkowo był przeznaczony jedynie dla Polaków, jednak z upływem czasu stał się miejscem wielonarodowościowej eksterminacji. Osadzeni byli zmuszani do katorżniczej pracy, otrzymując jedynie głodowe racje żywnościowe. Niektórzy natychmiast po przyjeździe trafiali do komór gazowych. Łącznie w obozie Auschwitz-Birkenau zginęło ok. 1,1 miliona osób. Niemiecką politykę terroru dobrze charakteryzuje wypowiedź Hansa Franka: Gdybym o każdych siedmiu rozstrzelanych Polakach chciał rozwieszać plakaty, to w Polsce nie starczyłoby lasów na wyprodukowanie papieru na takie plakaty.
Wszyscy nieniemieccy mieszkańcy Generalnego Gubernatorstwa mieli stanowić tanią siłę roboczą, pozbawioną tożsamości narodowej. Dlatego też prześladowano inteligencję i ograniczono dostęp do edukacji. Polacy mogli uczęszczać jedynie do szkół podstawowych i zawodowych. Zamknięto szkoły średnie i uczelnie. Pracę rozpoczynały zatem osoby w wieku 15 lat. Dzień pracy trwał około 10 godzin, a otrzymywana pensja była niewielka. Powszechnym problemem było niedożywienie. Obowiązywały karty żywnościowe, a przydział był zdecydowanie niewystarczający. Hans Frank odnotował: większość mieszkańców Polski dostarcza organizmowi zaledwie ok. 600 kalorii dziennie, gdy normalne zapotrzebowanie człowieka wynosi 2200 kalorii. Ludność Polski jest tak osłabiona, że łatwo może paść ofiarą tyfusu plamistego... Dodatkowo obowiązywały różne obostrzenia, takie jak godzina policyjna, czy kara śmierci za posiadanie radioodbiornika. Wszystko co najlepsze było „nür fϋr Deutsche”, czyli tylko dla Niemców. Dla nich zarezerwowano najlepsze restauracje, kawiarnie, kina, teatry, a nawet przedziały w środkach komunikacji. Ograniczony był dostęp do kultury. Zamknięte zostały muzea, biblioteki i archiwa.
W jeszcze gorszej sytuacji znaleźli się mieszkańcy ziem wcielonych bezpośrednio do III Rzeszy. Tereny te miały zostać niezwłocznie zgermanizowane. Miejsce Polaków mieli zająć Niemcy, łącznie wysiedlono ponad 800 tys. osób. Sytuacja tych, którzy zostali na miejscu była jeszcze gorsza. Pozbawiono ich jakichkolwiek praw obywatelskich, nie mogli zmieniać miejsca zamieszkania. Musieli kłaniać się i ustępować pierwszeństwa Niemcom. Mówienie po polsku w miejscach publicznych mogło zakończyć się pobiciem. Znacznie utrudniono dostęp do służby zdrowia np. w Łodzi Polacy mogli korzystać z zaledwie jednego szpitala. W kaliskim parku umieszczono tabliczkę informującą, że do parku mogą być wprowadzane na smyczy psy, natomiast surowy zakaz wstępu obowiązuje Polaków.
Polityka represji była także powszechnie stosowana przez sowieckiego okupanta. Zajęte obszary wkrótce stały się integralną częścią ZSRS. W urzędach nie wolno było używać języka polskiego, usunięto polskie nazwy ulic, zmieniono walutę. Kresy były zamieszkane przez wiele narodowości, jednak kolejne rozporządzenia władz sowieckich uderzały przede wszystkim w Polaków. Do niewoli trafiło wielu żołnierzy przetrzymywanych w obozach rozmieszczonych w zachodniej części kraju. Ich los został przesądzony wraz z wydaniem uchwały z dnia 5 marca 1940 r. w myśl, której mieli oni zostać rozstrzelani. W egzekucjach przeprowadzonych m.in. w Katyniu i Charkowie zamordowano ponad 20 tys. polskich oficerów. Sowieci chcieli pozbyć się wszystkich „polskich panów”, przede wszystkim inteligencji, przedsiębiorców oraz właścicieli ziemskich. W tym celu zorganizowali cztery wielkie wywózki na Syberię i do Kazachstanu. Od lutego 1940 do czerwca 1941 roku wysiedlono około 370 tys. osób. Wielu deportowanych nie przeżyło samego transportu. Na tych, którzy zdołali dotrzeć, czekała katorżnicza praca, ciężkie warunki atmosferyczne i bytowe. Kolejne wywózki nie zostały zorganizowane bowiem w 1941 roku III Rzesza zaatakowała Związek Sowiecki. Wkrótce cały obszar II RP znalazł się pod okupacją niemiecką.
Katarzyna Mazur